ルビスコくん空を飛ぶ

博士学生(D1)の日記です.日記に加えてプログラミング(R)のメモ書きもします.

Rのggplot2でのエラーバーの表示

Rのパッケージggplot2で平均±標準偏差をプロットする方法のメモ.

データセットはirisを使う.まず,doByパッケージのsummaryBy()でデータをまとめる.この関数は,自分が指定した変数(下のコードではSpecies)についてクラス分けをして,クラスごと&指定した変数(下のコードではSepal.LengthとSepal.Width)について関数を適用してくれる(mean,sd)便利なパッケージ.適用後はこんな風になる.

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ggplot()でx, y軸につかう変数を決めたあとは,y軸方向にはgeom_errorbar()を,x軸方向にはgeom_errorbarh()を用いる.赤字に注意すれば難しくない.

 

> library(doBy)
> library(ggplot2)
> data(iris)
> d <- summaryBy(Sepal.Length + Sepal.Width ~ Species, data=iris, FUN=c(mean,sd))
> g <- ggplot(d, aes(x=Sepal.Width.mean, y=Sepal.Length.mean, col=Species)) +
+ geom_point(size=5) +
+ geom_errorbar(aes(ymax = Sepal.Length.mean + Sepal.Length.sd, ymin= Sepal.Length.mean - Sepal.Length.sd), data=d, width=0.05) +
+ geom_errorbarh(aes(xmax = Sepal.Width.mean + Sepal.Width.sd, xmin= Sepal.Width.mean - Sepal.Width.sd), data=d, height=0.05)
> print(g)

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