ルビスコくん空を飛ぶ

博士学生(D1)の日記です.

20160110

昼から実験.

その後,CentOSのサーバにRの神パッケージggplot2をインストールしようとするとエラーがでた.調べていくと,Rを起動中にinstall.packages()をするやり方とコマンドラインyumする方法があるらしい.yumは管理者権限がないとできないので今度パスワードをきくことにした.ggplot2とは別のパッケージ(doByなど)は正常にR起動中にインストールできたのに,なぜかggplot2になるとエラーが頻発した.reshape2やscalesをインストールせよとのことなのでこの二つをインストールしようとするとまたエラーが多発.Rのバージョンが古いのかな?というか,このlinuxに入っているRはどうやってダウンロード・インストールしたのだろう?忘れてしまったがパスワードを教えてもらっていないことは確かだ.

あー難しい…

結局、ggplot2がインストールできないのはバージョンが古いせいなのではと思い、新しくRをインストール。ただ、管理者権限がないのでusrディレクトリにはインストールできないため自分のところにインストールした。そこまではよかったのだが、LinuxでRを起動させても前のバージョンのままだった。とりあえず自分のホームディレクトリの中の最新版のRを起動させるようなシェルスクリプトはつくったが根本的な解決にはいたっていない。

要するにルート権限を使うパスワードを教えてもらってusrディレクトリにあるRをアップデートすればよいはず。