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ルビスコくん空を飛ぶ

博士学生(D1)の日記です.日記に加えてプログラミング(R)のメモ書きもします.

20160201

今日やったこと ・午前の報告会で発表した. ・試験管をすべて洗浄した ・文献レビュー Wang et al. (2016), Remote sensing 要旨とイントロのみ ・英単語 151-180

source()関数

R

RのコマンドラインでRスクリプトを実行する,あるいはRスクリプトの中で別のスクリプトを実行したい場合,source()関数を使う. そこで,いちいち別のスクリプトがある場所にカレントディレクトリをsetwd()で移さなくても,source()の中にパスごと書いてしま…

20160127

今日やったこと ・観測データの解析 ・文献レビュー Massacci et al., 2008; Sarijeva et al., 2007 ・Chl抽出実験(スギ) ・光合成講座「温度順化②」

20160126

今日やったこと ・個葉データの整理とグラフの作成(Rプログラミング) ・論文レビュー:Flexas et al., 2002 ・光合成講座「温度順化①」,「光順化」復習 ・英単語:31~60,1~30復習 ・ラジオ英会話:1/18分 出勤: 11:30, 退出: 23:20 明日はもっと早起きし…

20160125

今日やったこと ・クロロフィル抽出実験(スギ) ・個葉データ整理 ・文献レビュー Flexas et al. (2002) イントロまで,Nakaji et al. (2006)結論 早起き,というより普通の時間に起きるのに完全に失敗した.ああ,進捗報告できるのか??

20160121

今日やったこと ・文献レビュー Flexas et al. (2000),Nakaji et al. (2006) ・クロロフィル抽出実験 針葉サンプル処理テスト ・解析 ・光合成講座「光馴化②」

20160120

今日やったこと ・投稿する論文について教官と議論(午前) ・クロロフィル蛍光データを解釈するための資料を読んだ ・vimrcの編集 ・夜は飲み会 解析が進んでないのは大問題なのでは… 明日から全力で解析しよう.

20160119

今日やったこと ・クロロフィルの抽出実験 広葉樹のサンプルがようやく終了した. ・溶液吸光度からChl濃度を算出するためのRプログラム 完成.しかし相変わらず凡ミスだらけだった. ・論文読み Flexas et al. (2000)の要旨を読んで日本語訳. ・光合成講座…

20160118

今日やったこと ・クロロフィル抽出実験続き ・論文(Lichtenthaler et al., 2007のIntro)を読んだ ・4バンドの吸光度からChl濃度を求めるRプログラムを作成(未完) ・光合成講座「気孔コンダクタンス⑤」 ・数学テキスト19.4章 ・英語

20160116

最近学生室に自分のほかに誰もいないことが多い.どうしても一人でずっといるとだれてしまう.

Rのggplot2

R

Rメモ forループでまわしながらggplot2でグラフを大量生産する作業をしていたのだが,何度やってもグラフが指定したフォルダに保存されないという問題が生じた.結局,以前作った同じ名前のファイルを削除したら保存できた(このことに気づくのに1時間ほど…

20160115

昼ごろに研究室に着いて,実験の続きをした.8月分の広葉サンプルをほとんどやっつけたので,残るは10月分のみ.しかしこれにプラスで針葉サンプルが1年分残っているとは恐ろしい. 今日思ったこと.今,4年生はちょうど卒論の締め切りが間近に迫っているこ…

20160112

やったこと ・クロロフィル抽出実験 ササの葉はクチクラ層が発達しているためか,leaf discをそのままDMFの液に浸しておいても抽出がうまくいかなかったので,今度はカッターナイフで0.5mmほどに薄くスライスしてから抽出することにした.入れて数分後にはけ…

20160110

昼から実験. その後,CentOSのサーバにRの神パッケージggplot2をインストールしようとするとエラーがでた.調べていくと,Rを起動中にinstall.packages()をするやり方とコマンドラインでyumする方法があるらしい.yumは管理者権限がないとできないので今度…

20160109

昼から出勤.今日は誰とも会わなかったし話さなかった.こうして私の対人インターフェイスは崩壊していくのだなあ.

20160107

年俸1900円のルーキー目覚まし時計選手が期待通りの鮮烈な目覚まし音で叩き起こしてくれたおかげで,8:30に研究室につくことができた.「めちゃ早え!すげえよ俺!やればできるやん!」と自分を誇りに感じて意気揚々とモニターに向かったが,よく考えてみる…

20160105

早寝遅起き。正月ボケだ。ということで、昼からヨドバシカメラに行って目覚まし時計を3つ購入。これで朝方生活目指すぞぉ!

20160101

正月。グダグダ。

20151229

スマホをiPhone6s機種変更し、その後買い物。論文書いてない…

20151228

8時に目を覚ますも布団の中でグズグズしてしまった。研究室に行きクロロフィルの様子を見たが、やはりクチクラ層がしっかりしてるマメ科とコーヒーの葉は完全に抽出できなかったようだ。

20151227

朝8時起床.そのまま英語の勉強をした. 午前は相変わらず論文の直し.いつ終わるのやら. クロロフィル抽出の様子を見てみると,薄っぺらのウダイカンバの葉からはほぼすべてのクロロフィルを抽出できたようだが,比較的厚めのマメ科とコーヒーの葉に関して…

20151226

8時起床.掃除してアニメ観て英語して昼寝したら16時になっていた.テレビをぼんやり見ながら一日を過ごした.くそみたいな一日だった.

20151225

朝から早起きして英語のリスニングをした.耳で英語を聞きながら,テキストを見ながら英語を音読しようとしたが,口がついていかない.全然あかんやん…. 9:30出勤.朝から論文にとりかかるも,まったく進まず.途中から集中が途切れてきた.午後からは研究…

20151224

クロロフィル抽出実験の準備をした.オートビュレットの使い方を練習.

20151223

祝日. 今週中にクロロフィルの抽出の実験の練習をしないと.と思いながら一日が過ぎた.

20151222

研究室の忘年会だった.先輩のS氏の「日本の少子化は機械による生産効率の上昇が原因である!」というぶっ飛んだ思想に感服.いつも面白い話ありがとうございます.O氏からNHKのラジオ英会話を勧められた.やってみようかしら.

20151221

AGUに参加して英語について思ったこと まず,自分の英語力のなさに改めて気づいた.大体何を言っても「?」という反応が返ってくるし,相手が何を言っているのか一回で判別することはほとんどできなかった.ポスター発表でも,もしかすると大切なことを聞き…

20151220

サンフランシスコ最終日 Bartの駅で、クレジットで買おうとしたら機械がクレジットを受け付けないというハプニングがあった。 帰りは当たり前だがひたすらずっと飛行機で、3食とも機内食になってしまった。胃腸に悪そう。あと口内環境は最悪だった。今年の6…

20151219

朝起きて、Bartに乗りUCバークレーへ。一日観光した.

20151218

AGU5日目(最終日) 朝からまたフラックス関係のセッションに参加.フラックスデータにはまだまだ生物地理的な情報が含まれている!というのがコンセプトで,面白かった.成長期の気温と適応気温には相関があるらしい.Fine Rootsの研究.Ci/Caのモデル化の…

20151216

AGU3日目. 朝起きて

20151214

AGU初日。 今日は朝から炭素フラックス(特に撹乱にフォーカスした)関係のセッションを聞きに行った。英語が速すぎてわからん…。それはそうと、AGUでは15分のうち質問する時間が全くない場合がある。そうかと思うと別の人は普通に質問時間があったりした。お…

20151213

朝5時に起きて始発のエアポートに乗り、8:40の大韓航空で仁川空港へ。そして16:10発のSFC行きに乗った。やなりこの時間が長かった。本を読んでるうちに15分ずつ3回くらい眠ってしまい、夜中の本当に寝たい時に寝付けなかった。寝れないので、飛行機の中でも…

20151212

明日からアメリカ.明日は朝6時の電車に乗って,サンフランシスコに到着するのが朝の9時だから実は1日フリーだったんだな.観光の時間は来週の土曜に1日とってあるし,何をしましょうか・・・

20151211

午前:AGUのポスター作成. 午後:ポスター,A3版ポスター印刷,名刺作成,論文直し,論文読む やっとこさポスターが完成.なぜか隣の研究室のT氏にほめられた.T氏いわく,カリフォルニアは特に治安がいいというわけではないらしい.彼自身もなんどか浮浪者…

20151207

今日は,今年一年間高山でおこなった観測の結果を学会で発表した.がっつり植物の整理生態学の内容だったのだが,これは学会の趣旨にマッチしておらず聴衆に伝わったかどうかはかなり怪しい.事実,質疑応答で質問の意味がわからず,応答がかみ合っていなか…

はじめに

これは私(大学院生)が普段思ったこと,気づいたことを書いていく日記のようなものです.また,私が扱うプログラミング言語(主にR)のメモもかねることとします.私は言葉を扱うのが苦手です.なので,それを少しでも克服するためブログを書いてみることに…