ルビスコくん空を飛ぶ

博士学生(D1)の日記です.日記に加えてプログラミング(R)のメモ書きもします.

大人であること

普段から「この人子供だなー」って思うことがけっこうあるのだけど(特にツイッターで)、じゃあ僕にとって「大人である」ための必要十分条件って何だろうと考えたところ、こういう結論になった。 他人の立場と背景を想像でき、その上で言動を決められる こ…

やる気

ここ一週間、モチベーションが上がらない。っちゅうのも、研究室にいてても先週起こった機器の故障で何も実験できることがないしゼミ発表で扱う予定の論文も読んでみたら全然面白くないしで、もう研究室にいく理由すらない状態なのだ。そして今日も雨。こう…

博士論文ってどう書けばいいの?

今日は投稿論文との違いに注目して、博士論文(以下、「博論」と略)をどういう風に何を書けば良いか考えてみる。 僕は修士2年のとき、もちろん修論を書いていたのだが、どうせ修論はあとで投稿論文にするのだから、とにかくそれに近い形に修論も仕上げた方…

ルビスコくん空を飛べ!

僕は、このブログで何をしたいんだろう。 そもそも、このブログを始めるきっかけは、かなーり記憶が曖昧だが(笑)、おそらく当時(2015年12月なので、修士1年の冬)よくツイッターでよく文章を書くことについて呟いている結城浩さんのツイートを読んだこと…

あいさつの効用

「ちゃんとあいさつしなさい!」って小さい頃から親に言われてきた。あいさつっていうのはもちろんするべきなんだけど、「当たり前だよね」で終わらずに少しその意味について考えてみる。 あいさつすると気分がいいが、あのちょっとした清々しさはなんだろう…

健康第一!

「無事息災ということが人間の幸福の断然主要な要件だからである。ところでこのことから出てくる結論として、およそ愚行中の最大の愚行は、何事のためにせよ、自己の健康を犠牲にすることである。(中略)健康よりも一切を軽くみなければならない。」 これは…

ありあまる富

本物の富は、あなたが持っているものでも、他人からの評価でもなく、あなたの心の中にある。 それは他人からはみえないし触れることもできない。ましてや盗むこともなおさらできない。心の貧しい人々は、自らの空っぽな心を物質あるいは名声という空虚なもの…

人に伝えるということ

昨日、含蓄のある言葉を聞いたのでそれを忘れないようにメモするのと、それに少し自分の考えを付け加えてみる. 人に自分の考えを伝えることの意義というのは「価値観を共有して、幸せの感度を上げること」である.つまり,自分が普段の生活の中で「どうすれ…

本当に大切なこと

僕はこれまで,研究をするうえで「自分に何ができるか」を重視してきた.プログラミングや測定機器の扱い方や論文の書き方など,研究の遂行に必要なテクニックをひとつひとつ獲得していけば,いい研究者になれると考えていた.しかしそれらは「自分で考える…

ラスコー展

昨日,仙台市にある東北歴史博物館の「ラスコー展」に行ってきた.知っている人も多いかもしれないが,ラスコーの洞窟壁画は1万5000年前に我々同じホモ・サピエンスのクロマニョン人と呼ばれる人々が洞窟の壁に描いた動物や記号,ヒトなどの絵画群のこと. …

部活の経験は研究にいきる?

この前,ある教授が「僕の経験上,部活してたやつは本当に研究よくできる場合が多いんだよ」ということを話していたので,少し部活と研究について考えてみようと思う.確かに,その教授の言うとおり,学部時代に部活に打ち込んでいた人はよく出来る人が多い…

僕のおじいさん先生に会いました

この前,研究室に一人の初老のおじさんが訪問してきた.誰かなあと思ってとりあえずあいさつしたところ,指導教官から「私の師匠のT先生です」と紹介され,驚いた.光合成科学の業界では有名人だ.そして,僕の指導教官の師匠だから,僕はその先生の孫弟子の…

知識の整理

この二年間、自分で試行錯誤しながらいろいろな知識を、観測・実験・論文・教科書・研究者や技術者のHPから学んできた.特に光合成とクロロフィル蛍光については一生懸命勉強した。そこで、これまで身につけてきたことを自分の言葉で、外に形として出してみ…

2017年の抱負

もう2月になろうとしていますが,2017年の抱負を書きたいと思います。4月からは新しい環境になるので,早く適応することがすごく重要。 ・去年の振り返り 去年は研究と観測計画をほぼすべて自分で考えて実行したが,結局思っていたようには研究は進まず(と…

TeXで参考文献一覧を作る

TeX

人によってどういう形式で参考文献を載せるかは違うと思いますが,僕は [1] Rubisco, T., Rubisce, K., 2016, title, Journal, page, doi のように番号をふるのではなく, こんなふうにABC順に並べて,2行目以降はインデント(ぶら下げインデントというらし…

学振DC1に採用されました

今週の月曜日(12/26)に学振面接試験の結果発表があった。結果は「採用」。面接の手応えとしてはあまり良くなかったが,結果を見ると面接に進んだ人のうち7割以上採用されていた。たぶん,準備を怠った人,面接で致命的なミスをした人,あるいはよっぽど運…

パッケージ'plotflow'を使って2軸表示したときのバグ

R

以前「'plotflow'パッケージを使えばggplot2で2軸表示ができる」という記事を書いたのですが,よくわからないバグ(?)が発生するようになってしまいました。以前にはなかったのですが。 #データフレームの準備 dd <- 1:10 * 10ee <- 1:10 / 20ff <- 1:10dd…

論文がリジェクトされました

9月の末に投稿した論文がリジェクトで返ってきた。もうすぐ投稿してから3ヶ月経つし査読結果返ってきてもいいころだなーと思っていたら「Your Submission」なるタイトルのメールが来て,開いたら数秒で"Unfortunately"と"I regret that"の字が目に飛び込ん…

AGU2016 最終日

僕の発表は朝の8時からでした。去年は日程が学会の中日ということあってたくさんの人が聞きに来てくれてポスターセッションの間(4時間)ずっと説明していたのですが、そのせいで他の人のポスターセッション発表が聞けませんでした。今年はきっちり2時間で自…

AGU2016 4日目

この日はなんと夜の12時に目が覚めてしまい、寝たのは朝の6時ごろになって起きたら聞きたかった発表が終わっていてテンション下がりまくりました。夜は他の日本人の方々と、フィッシャーマンズワーフにカニ料理を食べに行きました。美味しかったけど、正直い…

AGU2016 2日目

朝5時に目が覚めてそれから寝つけませんでした。完全に時差ボケです。ホステルで朝ごはん食べて朝いちの発表聞いたけど頭がぼんやりして何も入って来ないし、そもそも英語の聞き取りがかなりやばいレベルなので内容が専門に近くない限り理解できないのです。…

AGU2016 1日目

今年もAGUに来ることができました。 1日目は昼過ぎにサンフランシスコに着いたが、飛行機でほとんど寝られなかったためにホテルで昼寝をしていました。18時から関連するトピックを扱う人たちのディナーがあったのでそれに参加しました。それにしても中国人の…

不安になってきた

ここ1週間は学振の面接の準備をしていて,スライドもだんだんと出来上がってきました.が,なんともいいようのない不安が湧いてきます.2週間くらい前までは,「面接候補の中から半分受かるんだから,面接官に自分の研究の魅力が伝われば落ちないだろう」と…

学振DC1の面接候補になりました

この5月に申請書を学振に提出していたのですが,その審査結果が返ってきました.提出した時点で申請書の出来は悪いと思っていたのですが,結果は「面接候補」でした.学振の採用の仕方として,採用(面接免除)・不採用・その間のグレーゾーン「面接候補」が…

回帰直線を引いて同時に回帰式も図に表示させる

R

わかりやすくするために図の中に式を埋め込みたいけど,式をRで調べていちいちパワポやイラストレータなどで文字を打ち込むのは時間の無駄なのでRで(ggplotで)やってしまいましょう.今回もデータセットはairqualityを使います. この中のOzoneとTempの回…

Rで素数判定プログラム

R

気になる自然数を入力するとその数が素数かどうかを判別してくれるプログラムを,思いつきでつくってみました.その理屈はいたって簡単.自然数Xを2から順番に割っていって,初めて割り切れた数がXなら素数ですから"X is a prime number!",それ以外なら"X i…

read.csv()の段階で列名を指定する

R

col.names = で指定できる.read.csv(x, header = F, skip = 1, col.names = c("T-Yamada", "T-Okada", "T-Kanemoto"))

2種類のカテゴリデータにそれぞれ色とプロットのマーカーを割り当てて散布図を描きたい

R

「変数XとYの関係に,別の変数ZとWが与えている影響をみたいとき」はXとYをプロットしZとWで色とマーカーを変えた図を出すという方法がある(ただし図が煩雑にはなるのは想像に難くない).こんな図は,描画パッケージggplot2を使えば簡単にできる. 例に使…

パッケージggplot2による2軸表示

R

先日,Rのパッケージggplot2のグラフ2軸機能 - ルビスコくん空を飛ぶでggplot2ではグラフの2軸は表示できないという記事を書いたが,どうやらできるようになったらしい.「plotflow」パッケージをインストールするために,以下のようなコマンドを打ち込む. …

文字列から特定の文字列を削除する

R

"hogehoge.txt"という文字列から".txt"を削除する方法.list.files()などでファイル名を取り出したのはいいが,拡張子は削除したい,というときに便利. gsub()を使う. 一つ目の引数に検索文字列,次の引数に置換後の文字列,最後に置換したい文字列を入力…

データセットにおける数値のカテゴリ化

R

データセットのなかのある変数でデータを区切り,区間化してカテゴリに変換する方法.Rにデフォルトで組み込まれているデータセットairquality(ニューヨークの大気状態観測値.1973 年5~9月の1日ごとに4つの変数がある.変数は下図の通り)を用いる.今回は…

ググればよかった

なんだかよくわからないから敬遠してしまうことというのは,ググればなんとか解決できるものなのだとしみじみ思う. たとえば自転車の修理.私はついこの間まで,自転車がパンクしたらまず自転車やさんにもって行って直してもらっていたが,あれはけっこうお…

Rの関数作成

R

Rを使ってデータ解析をしていると,「標準誤差を出す」とか「何らかの曲線で回帰して,r2値・係数・切片を求める」とか同じ作業が多い.そこでいちいち res_a <- summary(lm(y1 ~ x1))$coef[1] #直線による回帰式の傾きを得る res_b <- summary(lm(y1 ~ x1))…

2016/05/21

今日はやる気がおきない. こういう日こそ,計画がものをいう日だと思う.「今週のTo do list」にある項目を,感情に流されてだらだらすることなく,淡々とこなしていくのが理想.

Rのggplot2でのエラーバーの表示

R

Rのパッケージggplot2で平均±標準偏差をプロットする方法のメモ. データセットはirisを使う.まず,doByパッケージのsummaryBy()でデータをまとめる.この関数は,自分が指定した変数(下のコードではSpecies)についてクラス分けをして,クラスごと&指定…

2016/05/16 ブラウザ

僕は学部4年まではGoogle Chorome,修士1年のときからOperaを使っていた.Operaに乗り換えた理由は,マウスジェスチャーが便利だから.例えばChoromeでは,前のページに戻るときはわざわざブラウザの左上にある「戻る」ボタンまでマウスのポインタを移動させ…

20016/05/11 健康診断!

昨日,午後から健康診断を受けた.もうかれこれ4年ほどいってなかったのだが,意外なことに,身長が伸びていた!それも2cmも!体重は相変わらず.ウキウキでそのまま視力検査を受けた.僕は視力だけは自信があった.ゲームをやりまくってた小学生から受験で…

2016/05/08 思考の吐き出し

日曜出勤して学振の申請書作成.金曜日に先生に軽く見てもらったところ,「盛り込みすぎ.審査員に背景知識がないとしても,誰が見ても3年ではできないと思うと思うよ」といわれ撃沈.さらにいろいろ痛いところをつかれ,「申請書の内容すべてに論理的な根拠…

2016/05/06

ついに学振の第一稿が完成.研究のネタを書けば書くほど,考えれば考えるほどこの研究はただの後追い研究なのでは?と新規性が感じられなくなってきたが,とにかく最後はいきおいで書いた.まったく自信がない.とにかく叩き台ができあがったので,あとは台…

2016/05/03 今日こそ学振の申請書片付けてやる!

世間では今日は祝日らしいが,そんなことは関係ない.週に二日も休みがあるのに,そのうえ祝日(一年に17日もある)も休むなんて休みすぎではないかと最近思っている. 今日こそは学振DC1の申請書を片付けてやる,と意気込んではや7日目.徐々に完成しつつは…

今日のグミ

HARIBO FRUTY COCKTAIL(350円) チェリー・パイン・青りんご・ミカンの形をしたグミと,白と黄の何かで赤いグミを挟んだ5種類のグミが入っている.この,グミを挟んでいる何かがまことにおいしくない.特に白い方は,牛乳の香りがして全くグミの風味に合わ…

2016/04/06

今日は北農研に行って,冬コムギのサンプリング調査の手伝いをした.ライン状に植わっている小麦の個体を,分げつと個体数を数えながら回収した後,葉面積を測った.この時期のコムギを見るのは初めてで,コムギは小ぶりでかわいさもあり,回収作業は楽しめ…

「古いもの」が好き

僕が好む音楽は古いものが多い.最初から新しいものにはあまり手を出さないからである.理由はとても簡単で,「はずれを引きたくない」から.とてもシンプルに,時代の洗礼を受けて今の時代まで残っている,売れている作品は,時代を超えて万人に受け入れら…

『浦沢直樹の漫勉』が面白い

最近,すっかり夜型生活が定着してしまった.夜中に特に何の目的もなくダラダラとテレビをつけていたら,NHKEテレの「浦沢直樹の漫勉」という番組が始まった.内容は,漫画家の浦沢直樹氏がゲストの漫画家を一人迎えて,あらかじめ撮っておいたその人の創作…

地衣類について

地衣類というのはよく樹の枝や幹の表面にくっついている灰色~緑色の生物らしい.樹の幹枝だけではなく,林床やコンクリートなどにも生息しているらしい. 実は私は数年前まであれは樹の皮が脱落して変色したものだと思っていて,実は生きていると知ったとき…

2016-03-01

いつの間にか二月が終わっていた….前回共著者に論文を送ってそのコメントが大体出揃ってから一ヶ月も経ったことになる.恐ろしい…. 今日やったこと ・論文の修正 ・Porcar-Castell et al. (2014) 5.1.9~5.1.11, 3.2.6~3.2.7 ・Porcar-Castell et al. (2012…

2016-02-27

今日やったこと・Porcar-Castell et al. (2014) 4.2.4~4.2.6, 3.2.2~3.2.3・植物の生態 116-120 ・論文の修正 最近読んだ論文で一番面白いと思った姉妹論文の著者,現時点でPh.D一年目だということがわかった.ということは,この論文は彼の修論だったという…

2016-02-26

今日やったこと ・Porcar-Castell et al. (2014) 4.2.1~4.2.3, 3.2.1 ・植物の生態 p111~p116, p105-111 ・

2016-02-25

出勤 12:30 退出 24:30 11時ごろ起きて,夜中1時ごろに帰るという生活スタイルに収束しつつある.僕の理想は朝型生活なのに,これはいけない.少しずつでいいから改善していかないと. 今日やったこと ・論文の修正 ・van der Tol et al. (2014)を読んだ ・P…

2016-02-23

今日やったこと ・論文の修正 ・Pedros et al. (2008) ・Porcar-Castell et al. (2014) 4.1.0-4.1.2 ・植物の生態100-104 論文が進まない.去年のデータの解析とか来年度のための実験とかやりたいことがいっぱいあるのになかなか進まないから,正直いってけ…