ルビスコくん空を飛ぶ

博士学生(D1)の日記です.日記に加えてプログラミング(R)のメモ書きもします.

TeXで参考文献一覧を作る

人によってどういう形式で参考文献を載せるかは違うと思いますが,僕は

[1] Rubisco, T., Rubisce, K., 2016, title, Journal, page, doi

のように番号をふるのではなく,

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こんなふうにABC順に並べて,2行目以降はインデント(ぶら下げインデントというらしい)を付けたい。まずは文献情報の取り込みから。僕は文献管理にはMendeleyを使っているので,その操作から説明する。

まずMendeleyで,論文に載せたい文献を入れるためのフォルダを作る。そこに,論文のPDFファイルをドラッグ・アンド・ドロップすれば自動的に文献情報を読み取ってくれる。あるいはGoogle schlorかどこかから文献情報だけをダウンロードしてもよい。

 

次に,投稿先の雑誌の参考文献スタイルに調整する。[View] → [Citation Style] から自分の好きな雑誌のフォーマットが選べる。

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それが終わったら,書き出したい文献すべてを選択して[右クリック]→[Copy As]→[Formatted Citation]を押すと,クリップボードに文献情報が格納される。

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で,TeXの本文に貼り付け。

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このままだと改行もされずに文字がずら~っと並んでしまうので,改行&ぶら下げインデントをつけたい。\hangindentを使う。ただ,\hangindentは段落が終わると操作が終わってしまうので,いちいち文献ごとに段落を変えて\hangindentを使わないといけない。\noindentは,段落が変わったときに文頭にインデントを付けないためのコマンド。文献情報のあとで空白行を入れて段落を変え,\hangindent=30ptでぶら下げインデントを宣言。\noindentで文頭のインデントを削除。で次の文献情報。これを繰り返す。

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 うん,けっこう面倒くさいけどこれくらいならやってもいいと思えるくらいの作業量だと思う。

完成!絶対他にいい方法あると思うけど,修論はこのやり方でいく。

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学振DC1に採用されました

今週の月曜日(12/26)に学振面接試験の結果発表があった。結果は「採用」。面接の手応えとしてはあまり良くなかったが,結果を見ると面接に進んだ人のうち7割以上採用されていた。たぶん,準備を怠った人,面接で致命的なミスをした人,あるいはよっぽど運のなかった人以外は採用だったのだろうと思う。

面接の練習に付き合ってくださった先生やポスドク,面接用の資料をくれた人(ブログで知り合った),申請書を見せてもらった人全員にお礼のメールを書いた。何より,申請書と面接を丁寧に見てくれた指導教官には感謝しかない。これで奨学金という名前の借金をしなくてすむ。

これはボスから言われたことだが,「DCを取った人は安心してしまって伸び悩むことが多い。特にDC1は大した業績がないうちから評価されるから,実力もないまま『自分はできる』と勘違いしてしまう人がけっこういるから気をつけろ」らしい。確かに今回DC1の結果を伝えると「おめでとう。すごいすごい!」という返事をもらう。でも実際は,僕は申請書に来年から3年間の研究計画とその意義を書いただけで,現在それについての結果など何もないわけで。論文も先日リジェクトされたばかりだし。結局学振DCなんてとっていても研究能力と相関なんてないのだと思う。どこかのブログで「学振を取っているから優秀だとも思わないし,取っていないから優秀でないとも思わないし,取っているから優秀でないとも思わないし,取っていないから優秀だと思わない」と書かれたのを読んだことがあるが,その通りだと思う。ただ,学振は研究員に対し研究費もくれる。もらえる分は研究室のお財布事情に左右されないわけだから,ない人よりアドバンテージがあるのは確かである。

これを生かして,どんどん研究を良い方向にもっていって自分を成長させたい。

パッケージ'plotflow'を使って2軸表示したときのバグ

以前「'plotflow'パッケージを使えばggplot2で2軸表示ができる」という記事を書いたのですが,よくわからないバグ(?)が発生するようになってしまいました。以前にはなかったのですが。

#データフレームの準備

dd <- 1:10 * 10
ee <- 1:10 / 20
ff <- 1:10
ddf <- data.frame(dd, ee, ff)

#左軸のデータ

TwoGGP_l <- ggplot(ddf, aes(ff))
leftplot <- TwoGGP_l + geom_point(aes(y = dd)) + labs("leaf") + theme(plot.margin = grid::unit(c(.5, 1, .5, 0), "cm")) + ylim(0, 100)

#右軸のデータ

TwoGGP_r <- ggplot(ddf, aes(ff))
rightplot <- TwoGGP_r + geom_point(aes(y = ee), colour = "red") + labs("right") + theme(plot.margin = grid::unit(c(.5, 1, .5, 0), "cm")) + ylim(0, 1)

#最後にプロット

ggdual_axis(leftplot, rightplot)

右軸のタイトルが表示されないうえに,右上によくわからない「x軸の残骸」みたいなのが入り込んでしまいます。どうやっても取り除けません。以前の記事で紹介したのと全く同じコードで書いても同じような結果になるので,ggplot2のアップデートに対応していないのかもしれません(あくまで憶測)。

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どうやら,ggplot2のデフォルトでも2軸設定ができるようなったようです。なので,plotflowを使うのはやめにして少々面倒ではありますがそのやり方でやろうと思います。こちらの記事を参考にさせてもらいます。わかりやすいです。

論文がリジェクトされました

9月の末に投稿した論文がリジェクトで返ってきた。もうすぐ投稿してから3ヶ月経つし査読結果返ってきてもいいころだなーと思っていたら「Your Submission」なるタイトルのメールが来て,開いたら数秒で"Unfortunately"と"I regret that"の字が目に飛び込んできてああこれはダメだと思った。レビュアー二人からのコメントを見ると,二人とも「内容はよく書けているけど観測方法がダメ。既存の研究はもっと解像度のいい測器でやってるけどお前らのは解像度低いから信用ならん」とのこと。正直これだけもっともらしい図を示しているのにこんなことを言われるとは思わなかった。肝心の解析内容については一切触れられておらず,それが悲しかった。

それにしても,査読に3ヶ月かけるならもっと実りのあるコメントも欲しかった。リジェクトされたなら他の雑誌に再投稿しないといけないし,もし学振に落ちていたらDC2の申請書書くまでにはアクセプトがほしい。だからリジェクトするならするでさっさとして欲しかったんだよお。。しかもこんなに修論が切羽詰まってる時期に。まあすべてボクの都合なんだが。

そして学振の個人用ページを見ると結果欄のところに「学振作業中」の文字が。おそらく月曜(明日)には発表されると思われる。。。

AGU2016 最終日

僕の発表は朝の8時からでした。去年は日程が学会の中日ということあってたくさんの人が聞きに来てくれてポスターセッションの間(4時間)ずっと説明していたのですが、そのせいで他の人のポスターセッション発表が聞けませんでした。今年はきっちり2時間で自分の分は終わらせて他の発表も聞こうと決めていたのですが、なかなか難しいですね。他の人の発表を聞こうとしても、近くに自分のポスターがあって、自分のポスターを見てくれている人がいると、どうしても説明を聞いてもらいたいと思ってしまって結局自分のところに戻る。これを繰り返していました。

けっこうな割合で「面白いじゃん!」と言ってもらえて(たぶんお世辞で言っているだけなのかもしれませんが)、頑張ってやって来てよかったと思えました。もちろん人に褒められることを目的にしてはいけないのですが、人から認めてもらえるというのは本当に光栄で嬉しいものです。おそらく、僕が見ている限りでは、他の研究では観測のみか、既存モデルと衛星観測データをつかった解析結果を紹介するものが多く、似通った研究がいくつもあったのですが、植物生理の季節性に着目して観測とモデルを扱った研究はあまりなかったように思います。

あと発表の他に学会で重要なこととして、「人脈作り」があります。今回、私は指導教官を通してセッションのコンビーナと繋がることができました。相手にとって利益になることがあれば、おそらく一緒に研究しようといって拒まれることはないでしょうから、積極的に話しかけて行くべきだと今回学習しました。コンビーナに僕の査読中の論文も渡すことができたし、とても有意義なポスターせっしょんとなりました。

僕が参加したセッションは午前がポスターで、午後からは2つ続けて口頭発表でした。ずっと聞いているととても疲れました。

それが終わると、今度は指導教官が昔お世話になった人(サンフランシスコ在住)のお家にお邪魔して、ホームパーティとなりました。

AGU2016 4日目

この日はなんと夜の12時に目が覚めてしまい、寝たのは朝の6時ごろになって起きたら聞きたかった発表が終わっていてテンション下がりまくりました。夜は他の日本人の方々と、フィッシャーマンズワーフにカニ料理を食べに行きました。美味しかったけど、正直いうと札幌の方が食べ物は美味しいですね。夜はけっこう遅くなってしまってYH帰ったら即就寝しました。

AGU2016 2日目

朝5時に目が覚めてそれから寝つけませんでした。完全に時差ボケです。ホステルで朝ごはん食べて朝いちの発表聞いたけど頭がぼんやりして何も入って来ないし、そもそも英語の聞き取りがかなりやばいレベルなので内容が専門に近くない限り理解できないのです。アメリカの人たちは(ちゃんとしてる部類の)日本人とは違って、スライドの見た目はあまり造り込まずに内容が少ない代りに、それを流暢なトークで補うタイプのひとが多いので、僕みたいな英語できないやつは早い段階から脱落するのです。それにしてもみなさん本当にペラペラとよくあんなに言葉がでてきますよね。日頃から訓練しているんだろうなあ。